Kızılırmak Deltası’nda Bern kriterlerine göre tehdit altında bulunan üç ana habitat tipi vardır: Öksin tuzcul bataklıkları, Güney Karadeniz sabit kumulları, Güneydoğu Avrupa dişbudak-meşe-kızılağaç ormanlarıdır. Kızılırmak Deltasında başlıca aşağıdaki habitat tipleri görülmektedir.